Huismuizen hebben een zachte, bruingrijze vacht die op de buik iets lichter is dan op de rug.
Ze hebben grote ogen en oren, zij het niet zo groot als die van de bosmuis deze is beschermd.
Ook heeft de huismuis een karakteristieke muffe geur.
Er zijn vier vingers aan de voorpoten, en vijf aan de achterpoten.
De geringde, geschubde staart is ongeveer even lang als de muis zelf.
Een volwassen huismuis heeft een kop-romplengte van 7–10 cm, een staartlengte van 6–10 cm en een lichaamsgewicht van 10 tot 45 gram.
Vrouwtjes zijn meestal zwaarder dan mannetjes.
